Пакет: yanosim (0.1-5 и другие)

[ Источник: yanosim  ]

read simulator nanopore DRS datasets

Yanosim has three options:

1. yanosim model:

   Creates an model of mismatches, insertions and deletions
   based on an alignment of nanopore DRS reads to a
   reference. Reads should be aligned to a transcriptome
   i.e. without spliced alignment, using minimap2. They
   should have the cs tag.

2. yanosim quantify:

   Quantify the number of reads mapping to each
   transcript in a reference, so that the right number
   of reads can be simulated.

3. yanosim simulate:

   Given a model created using yanosim model, and
   per-transcript read counts created using yanosim
   simulate, simulate error-prone long-reads from the
   given fasta file.

Другие пакеты, относящиеся к yanosim

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

• dep: python3-click

  Command-Line Interface Creation Kit - Python 3.x

• dep: python3-numpy

  Fast array facility to the Python language (Python 3)

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-scipy

  scientific tools for Python 3

Загрузка yanosim

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	0.1-5	9,4 Кб	45,0 Кб	[список файлов]
arm64	0.1-5	9,4 Кб	45,0 Кб	[список файлов]
armel	0.1-5	9,4 Кб	45,0 Кб	[список файлов]
armhf	0.1-5	9,4 Кб	45,0 Кб	[список файлов]
i386	0.1-5	9,4 Кб	45,0 Кб	[список файлов]
mips64el	0.1-5	9,4 Кб	45,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	0.1-5	9,4 Кб	45,0 Кб	[список файлов]
riscv64	0.1-5+b1	9,7 Кб	46,0 Кб	[список файлов]