Пакет: trnascan-se (2.0.12+ds-1) [non-free]

[ Источник: trnascan-se  ]

detection of transfer RNA genes in genomic sequence

tRNAscan-SE identifies 99-100% of transfer RNA genes in DNA sequence while giving less than one false positive per 15 gigabases. Two previously described tRNA detection programs are used as fast, first-pass prefilters to identify candidate tRNAs, which are then analyzed by a highly selective tRNA covariance model. This work represents a practical application of RNA covariance models, which are general, probabilistic secondary structure profiles based on stochastic context-free grammars. tRNAscan-SE searches at ~ 30 000 bp/s. Additional extensions to tRNAscan-SE detect unusual tRNA homologues such as selenocysteine tRNAs, tRNA-derived repetitive elements and tRNA pseudogenes.

Другие пакеты, относящиеся к trnascan-se

• dep: infernal

  inference of RNA secondary structural alignments

• dep: libc6 (>= 2.34)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• dep: trnascan-se-common (= 2.0.12+ds-1)

  detection of transfer RNA genes in genomic sequence (common files)

Загрузка trnascan-se

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	154,6 Кб	741,0 Кб	[список файлов]
arm64	143,7 Кб	817,0 Кб	[список файлов]
i386	153,9 Кб	774,0 Кб	[список файлов]