все параметры
bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Источник: rockhopper  ]

Пакет: rockhopper (2.0.3+dfsg2-4)

Ссылки для rockhopper

Screenshot

Ресурсы Debian:

Исходный код rockhopper:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Подобные пакеты:

system for analyzing bacterial RNA-seq data

Rockhopper is a comprehensive and user-friendly system for computational analysis of bacterial RNA-seq data. As input, Rockhopper takes RNA sequencing reads output by high-throughput sequencing technology (FASTQ, QSEQ, FASTA, SAM, or BAM files). Rockhopper supports the following tasks:

 * Reference based transcript assembly (when one or more reference
   genomes are available)
   - Aligning reads to genomes
   - Assembling transcripts
   - Identifying transcript boundaries and novel transcripts such as
     small RNAs
 * De novo transcript assembly (when reference genomes are unavailable)
 * Normalizing data from different experiments
 * Quantifying transcript abundance
 * Testing for differential gene expression
 * Characterizing operon structures
 * Visualizing results in a genome browser

Другие пакеты, относящиеся к rockhopper

  • зависимости
  • рекомендации
  • предложения
  • enhances

Загрузка rockhopper

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура Размер пакета В установленном виде Файлы
all 585,3 Кб653,0 Кб [список файлов]