Пакет: python3-pairtools (1.0.3-1 и другие)

[ Источник: pairtools  ]

Framework to process sequencing data from a Hi-C experiment

Simple and fast command-line framework to process sequencing data from a Hi-C experiment.

Process pair-end sequence alignments and perform the following operations:

  - Detect ligation junctions (a.k.a. Hi-C pairs) in aligned paired-end
    sequences of Hi-C DNA molecules
  - Sort .pairs files for downstream analyses
  - Detect, tag and remove PCR/optical duplicates
  - Generate extensive statistics of Hi-C datasets
  - Select Hi-C pairs given flexibly defined criteria
  - Restore .sam alignments from Hi-C pairs

Другие пакеты, относящиеся к python3-pairtools

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [armel, armhf, i386, mips64el]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не armel, armhf]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

  dep: python3 (<< 3.13)

  dep: python3 (>= 3.12~)

• dep: python3-bioframe

  library to enable flexible, scalable operations on genomic interval dataframes

• dep: python3-click

  Command-Line Interface Creation Kit - Python 3.x

• dep: python3-numpy (>= 1:1.25.0)

  Fast array facility to the Python language (Python 3)

• dep: python3-numpy-abi9

  виртуальный пакет, предоставляемый python3-numpy

• dep: python3-pandas

  data structures for "relational" or "labeled" data

• dep: python3-pysam (>= 0.20.0+ds-3~)

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-scipy

  scientific tools for Python 3

• dep: python3-yaml

  YAML parser and emitter for Python3

• sug: python3-pairtools-examples (>= 1.0.2)

  Process sequencing data from a Hi-C experiment (examples)

Загрузка python3-pairtools

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	1.0.3-1+b2	195,4 Кб	796,0 Кб	[список файлов]
arm64	1.0.3-1+b2	176,9 Кб	892,0 Кб	[список файлов]
armel	1.0.3-1+b2	170,1 Кб	716,0 Кб	[список файлов]
armhf	1.0.3-1+b2	174,4 Кб	624,0 Кб	[список файлов]
i386	1.0.3-1+b2	193,8 Кб	797,0 Кб	[список файлов]
mips64el	1.0.3-1+b2	174,0 Кб	905,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	1.0.3-1+b2	189,6 Кб	956,0 Кб	[список файлов]
riscv64	1.0.3-1+b2	190,7 Кб	692,0 Кб	[список файлов]