Пакет: pizzly (0.37.3+ds-9)

[ Источник: pizzly  ]

Identifies gene fusions in RNA sequencing data

For the interpretation of the transcriptome (the abundance and sequence of RNA) of tomour cells one is particularly interested in transcripts that cannot be mapped to single genes but that are seen to be fused as parts from two genes. Likely eplanations are chromosomal translocations.

Pizzly can identify novel such peculiarities, building on interpretations on variable splicing by the tool kallisto. Both tools are elements of the bcbio workflow.

Другие пакеты, относящиеся к pizzly

• dep: kallisto

  near-optimal RNA-Seq quantification

• dep: libc6 (>= 2.34)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libstdc++6 (>= 12)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  библиотека сжатия

• rec: python3-h5py

  general-purpose Python interface to hdf5

Загрузка pizzly

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	285,5 Кб	864,0 Кб	[список файлов]
arm64	248,9 Кб	864,0 Кб	[список файлов]
mips64el	246,3 Кб	962,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	285,1 Кб	992,0 Кб	[список файлов]
s390x	249,8 Кб	876,0 Кб	[список файлов]