Пакет: rsem (1.3.3+dfsg-3 и другие)

[ Источник: rsem  ]

RNA-Seq by Expectation-Maximization

RSEM is a software package for estimating gene and isoform expression levels from RNA-Seq data. The RSEM package provides an user-friendly interface, supports threads for parallel computation of the EM algorithm, single-end and paired-end read data, quality scores, variable-length reads and RSPD estimation. In addition, it provides posterior mean and 95% credibility interval estimates for expression levels. For visualization, It can generate BAM and Wiggle files in both transcript-coordinate and genomic-coordinate. Genomic-coordinate files can be visualized by both UCSC Genome browser and Broad Institute’s Integrative Genomics Viewer (IGV). Transcript-coordinate files can be visualized by IGV. RSEM also has its own scripts to generate transcript read depth plots in pdf format. The unique feature of RSEM is, the read depth plots can be stacked, with read depth contributed to unique reads shown in black and contributed to multi-reads shown in red. In addition, models learned from data can also be visualized. Last but not least, RSEM contains a simulator.

Другие пакеты, относящиеся к rsem

• dep: bowtie

  Ultrafast memory-efficient short read aligner

  или bowtie2

  ultrafast memory-efficient short read aligner

• dep: libc6 (>= 2.34)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

• dep: r-base-core

  GNU R core of statistical computation and graphics system

• sug: hisat2

  graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

• sug: r-bioc-ebseq

  R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

Загрузка rsem

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
mips64el	1.3.3+dfsg-3+b1	35 248,4 Кб	37 606,0 Кб	[список файлов]