Пакет: cat-bat (5.3-2)

Ссылки для cat-bat

Ресурсы Debian:

Исходный код cat-bat:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [github.com]

Подобные пакеты:

taxonomic classification of contigs and metagenome-assembled genomes (MAGs)

Contig Annotation Tool (CAT) and Bin Annotation Tool (BAT) are pipelines for the taxonomic classification of long DNA sequences and metagenome assembled genomes (MAGs/bins) of both known and (highly) unknown microorganisms, as generated by contemporary metagenomics studies. The core algorithm of both programs involves gene calling, mapping of predicted ORFs against the nr protein database, and voting-based classification of the entire contig / MAG based on classification of the individual ORFs. CAT and BAT can be run from intermediate steps if files are formatted appropriately.

Другие пакеты, относящиеся к cat-bat

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: diamond-aligner

accelerated BLAST compatible local sequence aligner
dep: prodigal

Microbial (bacterial and archaeal) gene finding program
dep: python3

интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

Загрузка cat-bat

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	38,5 Кб	199,0 Кб	[список файлов]
arm64	38,5 Кб	199,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	38,5 Кб	199,0 Кб	[список файлов]
riscv64	38,5 Кб	199,0 Кб	[список файлов]
s390x	38,5 Кб	199,0 Кб	[список файлов]