Пакет: bowtie2 (2.5.4-1 и другие)

[ Источник: bowtie2  ]

ultrafast memory-efficient short read aligner

is an ultrafast and memory-efficient tool for aligning sequencing reads to long reference sequences. It is particularly good at aligning reads of about 50 up to 100s or 1,000s of characters, and particularly good at aligning to relatively long (e.g. mammalian) genomes.

Bowtie 2 indexes the genome with an FM Index to keep its memory footprint small: for the human genome, its memory footprint is typically around 3.2 GB. Bowtie 2 supports gapped, local, and paired-end alignment modes

Теги: Биология: Нуклеиновые кислоты, Область: Биология, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Пользовательский интерфейс: Командная строка, Роль: role::program, use::comparing, Работает с: Биологические последовательности

Другие пакеты, относящиеся к bowtie2

• dep: libc6 (>= 2.38)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не amd64]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  библиотека сжатия

• sug: bowtie2-examples

  Examples for bowtie2

Загрузка bowtie2

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	2.5.4-1+b1	1 472,3 Кб	5 941,0 Кб	[список файлов]
arm64	2.5.4-1+b1	1 370,2 Кб	5 321,0 Кб	[список файлов]
mips64el	2.5.4-1+b1	1 416,1 Кб	6 186,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	2.5.4-1+b1	1 520,0 Кб	6 025,0 Кб	[список файлов]
riscv64	2.5.4-1+b1	1 638,7 Кб	4 725,0 Кб	[список файлов]