Пакет: repeatmasker-recon (1.08-8)

[ Источник: repeatmasker-recon  ]

finds repeat families from biological sequences

The RECON package implements a de novo algorithm for the identification of repeat families from biological sequences.

The program implements an approach for the de novo identification and classification of repeat sequence families that is based on extensions to the usual approach of single linkage clustering of local pairwise alignments between genomic sequences. The extensions use multiple alignment information to define the boundaries of individual copies of the repeats and to distinguish homologous but distinct repeat element families. When tested on the human genome, this approach was able to properly identify and group known transposable elements. The program, should be useful for first-pass automatic classification of repeats in newly sequenced genomes.

Другие пакеты, относящиеся к repeatmasker-recon

• dep: libc6 (>= 2.34)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

Загрузка repeatmasker-recon

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
armel	80,6 Кб	451,0 Кб	[список файлов]