Пакет: seqan-raptor (3.0.1+ds-5)

[ Источник: seqan-raptor  ]

pre-filter for querying very large collections of nucleotide sequences

Raptor is a system for approximately searching many queries such as next-generation sequencing reads or transcripts in large collections of nucleotide sequences. Raptor uses winnowing minimizers to define a set of representative k-mers, an extension of the interleaved Bloom filters (IBFs) as a set membership data structure and probabilistic thresholding for minimizers. This approach allows compression and partitioning of the IBF to enable the effective use of secondary memory.

Другие пакеты, относящиеся к seqan-raptor

• dep: libbz2-1.0

  библиотека сжатия по алгоритму Барроуза—Уилера (динамическая версия)

• dep: libc6 (>= 2.34)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: libyaml-cpp0.8 (>= 0.7.0)

  YAML parser and emitter for C++

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  библиотека сжатия

• sug: cwl-runner

  виртуальный пакет, предоставляемый cwltool

Загрузка seqan-raptor

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	646,1 Кб	2 087,0 Кб	[список файлов]