Пакет: python3-presto (0.7.2-2 и другие)

[ Источник: presto  ]

toolkit for processing B and T cell sequences (Python3 module)

pRESTO is a toolkit for processing raw reads from high-throughput sequencing of B cell and T cell repertoires.

Dramatic improvements in high-throughput sequencing technologies now enable large-scale characterization of lymphocyte repertoires, defined as the collection of trans-membrane antigen-receptor proteins located on the surface of B cells and T cells. The REpertoire Sequencing TOolkit (pRESTO) is composed of a suite of utilities to handle all stages of sequence processing prior to germline segment assignment. pRESTO is designed to handle either single reads or paired-end reads. It includes features for quality control, primer masking, annotation of reads with sequence embedded barcodes, generation of unique molecular identifier (UMI) consensus sequences, assembly of paired-end reads and identification of duplicate sequences. Numerous options for sequence sorting, sampling and conversion operations are also included.

This package provides the presto Python3 module.

Другие пакеты, относящиеся к python3-presto

• dep: cd-hit

  suite of programs designed to quickly group sequences

• dep: ncbi-blast+

  поиск первичных биологических последовательностей

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

• dep: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-numpy

  Python library for numerical computations (Python 3)

• dep: python3-packaging

  core utilities for python3 packages

• dep: python3-pandas

  data structures for "relational" or "labeled" data

• dep: python3-scipy

  scientific tools for Python 3

• dep: vsearch [amd64, arm64, ppc64el]

  tool for processing metagenomic sequences

Загрузка python3-presto

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	0.7.2-1	77,7 Кб	513,0 Кб	[список файлов]
amd64	0.7.2-2	77,8 Кб	513,0 Кб	[список файлов]
arm64	0.7.2-2	77,8 Кб	513,0 Кб	[список файлов]
armel	0.7.2-2	77,8 Кб	513,0 Кб	[список файлов]
armhf	0.7.2-2	77,8 Кб	513,0 Кб	[список файлов]
i386	0.7.2-2	77,8 Кб	513,0 Кб	[список файлов]
loong64 (неофициальный перенос)	0.7.2-2	77,8 Кб	513,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	0.7.2-2	44,6 Кб	219,0 Кб	[список файлов]
mips64el	0.7.2-2	77,8 Кб	513,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	0.7.2-1	77,7 Кб	513,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	0.7.2-2	77,8 Кб	513,0 Кб	[список файлов]
riscv64	0.7.2-2	77,8 Кб	513,0 Кб	[список файлов]
s390x	0.7.2-2	77,8 Кб	513,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	0.7.2-2	44,6 Кб	219,0 Кб	[список файлов]