Пакет: r-bioc-deseq2 (1.44.0+dfsg-1)

[ Источник: r-bioc-deseq2  ]

R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

Differential gene expression analysis based on the negative binomial distribution. Estimate variance-mean dependence in count data from high-throughput sequencing assays and test for differential expression based on a model using the negative binomial distribution.

Другие пакеты, относящиеся к r-bioc-deseq2

• dep: libblas3

  реализация алгоритмов линейной алгебры — библиотека

  или libblas.so.3

  виртуальный пакет, предоставляемый libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6 (>= 2.29)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: liblapack3

  библиотека подпрограмм линейной алгебры вер. 3 — динамическая версия

  или liblapack.so.3

  виртуальный пакет, предоставляемый libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: r-api-4.0

  виртуальный пакет, предоставляемый r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.19

  виртуальный пакет, предоставляемый r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-biobase (>= 2.64.0)

  base functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.50.0)

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocparallel (>= 1.38.0)

  BioConductor facilities for parallel evaluation

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.56.1)

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.38.1)

  GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges

• dep: r-bioc-matrixgenerics (>= 1.16.0)

  S4 Generic Summary Statistic Functions that Operate on Matrix-Like Objects

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.42.1)

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.34.0)

  BioConductor assay container

• dep: r-cran-ggplot2 (>= 3.4.0)

  implementation of the Grammar of Graphics

• dep: r-cran-locfit

  GNU R local regression, likelihood and density estimation

• dep: r-cran-matrixstats

  GNU R methods that apply to rows and columns of a matrix

• dep: r-cran-rcpp (>= 0.11.0)

  GNU R package for Seamless R and C++ Integration

• dep: r-cran-rcpparmadillo

  GNU R package for Armadillo C++ linear algebra library

• sug: r-bioc-glmgampoi (>= 1.16.0)

  GNU R fit a Gamma-Poisson generalized linear model

• sug: r-bioc-tximeta (>= 1.22.1)

  Transcript Quantification Import with Automatic Metadata

• sug: r-bioc-tximport (>= 1.32.0)

  transcript-level estimates for biological sequencing

• sug: r-bioc-tximportdata (>= 1.32.0)

  GNU R various transcript abundance quantifiers

• sug: r-cran-biocmanager

  access the Bioconductor project package repository

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-pbapply

  GNU R package providing progress bars for vectorized R functions

• sug: r-cran-pheatmap

  GNU R package to create pretty heatmaps

• sug: r-cran-rcolorbrewer

  GNU R package providing suitable color palettes

• sug: r-cran-readr

  GNU R package to read rectangular text data

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

Загрузка r-bioc-deseq2

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
ppc64el	1 253,4 Кб	1 816,0 Кб	[список файлов]