Пакет: python3-dna-jellyfish (2.3.1-3 и другие)

[ Источник: jellyfish  ]

count k-mers in DNA sequences (Python bindings of jellyfish)

JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.

JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.

This package contains the Python bindings of jellyfish.

Другие пакеты, относящиеся к python3-dna-jellyfish

• dep: libc6 (>= 2.38)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libjellyfish-2.0-2 (>= 2.3.1)

  count k-mers in DNA sequences (dynamic library of jellyfish)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

  dep: python3 (<< 3.13)

  dep: python3 (>= 3.12~)

Загрузка python3-dna-jellyfish

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
ppc64el	2.3.1-3+b6	58,9 Кб	239,0 Кб	[список файлов]