Пакет: libjellyfish-perl (2.3.1-3 и другие)

[ Источник: jellyfish  ]

count k-mers in DNA sequences (Perl bindings of jellyfish)

JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.

JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.

This package contains the Perl bindings of jellyfish.

Теги: Разработка программного обеспечения: Разработка на Perl, Библиотеки, Реализовано на: implemented-in::c, implemented-in::perl, Роль: Библиотека разработчика

Другие пакеты, относящиеся к libjellyfish-perl

• dep: libc6 (>= 2.38)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: perl (>= 5.40.0-6)

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• dep: perlapi-5.40.0

  виртуальный пакет, предоставляемый perl-base

Загрузка libjellyfish-perl

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
ppc64el	2.3.1-3+b6	55,7 Кб	229,0 Кб	[список файлов]