Пакет: hinge (0.5.0-7 и другие)

[ Источник: hinge  ]

long read genome assembler based on hinging

HINGE is a genome assembler that seeks to achieve optimal repeat resolution by distinguishing repeats that can be resolved given the data from those that cannot. This is accomplished by adding “hinges” to reads for constructing an overlap graph where only unresolvable repeats are merged. As a result, HINGE combines the error resilience of overlap-based assemblers with repeat-resolution capabilities of de Bruijn graph assemblers.

Другие пакеты, относящиеся к hinge

• dep: daligner

  выравнивание длинных нуклеотидных последовательностей

• dep: dascrubber

  alignment-based scrubbing pipeline for DNA sequencing reads

• dep: dazzdb

  manage nucleotide sequencing read data

• dep: libc6 (>= 2.38)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libfmt10 (>= 10.1.1+ds1)

  fast type-safe C++ formatting library -- library

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1)

  вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

• dep: python3-colormap

  ease manipulation of matplotlib colormaps and color codecs (Python 3)

• dep: python3-matplotlib

  Python based plotting system in a style similar to Matlab

• dep: python3-networkx

  tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)

• dep: python3-numpy

  Fast array facility to the Python language (Python 3)

• dep: python3-pbcore

  Python 3 library for processing PacBio data files

• dep: python3-ujson

  ultra fast JSON encoder and decoder for Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  библиотека сжатия

Загрузка hinge

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
mips64el	0.5.0-7+b2	395,8 Кб	3 429,0 Кб	[список файлов]