Пакет: lumpy-sv (0.3.1+dfsg-7 и другие) [debports]

[ Источник:  ]

general probabilistic framework for structural variant discovery

LUMPY, a novel SV discovery framework that naturally integrates multiple SV signals jointly across multiple samples. LUMPY yields improved sensitivity, especially when SV signal is reduced owing to either low coverage data or low intra-sample variant allele frequency.

Другие пакеты, относящиеся к lumpy-sv

• dep: bamkit

  tools for common BAM file manipulations

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libc6 (>= 2.34)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1)

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

  provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-numpy

  Python library for numerical computations (Python 3)

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: samblaster

  marks duplicates, extracts discordant/split reads

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• rec: sambamba

  tools for working with SAM/BAM data

Загрузка lumpy-sv

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
m68k (неофициальный перенос)	0.3.1+dfsg-7+b1	184,6 Кб	627,0 Кб	[список файлов]