Пакет: mummer (3.23+dfsg-8 и другие)

[ Источник: mummer  ]

Efficient sequence alignment of full genomes

MUMmer is a system for rapidly aligning entire genomes, whether in complete or draft form. For example, MUMmer 3.0 can find all 20-basepair or longer exact matches between a pair of 5-megabase genomes in 13.7 seconds, using 78 MB of memory, on a 2.4 GHz Linux desktop computer. MUMmer can also align incomplete genomes; it handles the 100s or 1000s of contigs from a shotgun sequencing project with ease, and will align them to another set of contigs or a genome using the NUCmer program included with the system. If the species are too divergent for DNA sequence alignment to detect similarity, then the PROmer program can generate alignments based upon the six-frame translations of both input sequences.

Теги: Область: Биология, Биоинформатика, Реализовано на: implemented-in::c++, interface::commandline, Роль: Программа, Область: Утилита, Цель: use::comparing, works-with-format::TODO, Поддерживаемые форматы: Простой текст, Работает с: Требуется дополнительный тег

Другие пакеты, относящиеся к mummer

• dep: gawk

  язык шаблонного сканирования и обработки GNU awk

• dep: libc6 (>= 2.38)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

Загрузка mummer

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
arm64	3.23+dfsg-8+b1	628,2 Кб	3 827,0 Кб	[список файлов]