Пакет: prime-phylo (1.0.11-12) [debports]

[ Источник:  ]

bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account

PrIME (Probabilistic Integrated Models of Evolution) is a package supporting inference of evolutionary parameters in a Bayesian framework using Markov chain Monte Carlo simulation. A distinguishing feature of PrIME is that the species tree is taken into account when analyzing gene trees.

The input data to PrIME is a multiple sequence alignment in FASTA format and the output data contains trees in Newick format.

Другие пакеты, относящиеся к prime-phylo

• dep: libblas3

  реализация алгоритмов линейной алгебры — библиотека

  или libblas.so.3

  виртуальный пакет, предоставляемый libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libboost-mpi1.83.0 (>= 1.83.0)

  C++ interface to the Message Passing Interface (MPI)

• dep: libboost-serialization1.83.0 (>= 1.83.0)

  serialization library for C++

• dep: libc6.1 (>= 2.38)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: liblapack3

  библиотека подпрограмм линейной алгебры вер. 3 — динамическая версия

  или liblapack.so.3

  виртуальный пакет, предоставляемый libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6)

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libstdc++6 (>= 14.2.0-1)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: libxml2 (>= 2.7.4)

  библиотека для работы с XML (GNOME)

• dep: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• sug: mafft

  Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

• sug: mrbayes

  Bayesian Inference of Phylogeny

• sug: muscle

  Multiple alignment program of protein sequences

• sug: njplot

  phylogenetic tree drawing program

• sug: phyml

  Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood

• sug: probalign

  multiple sequence alignment using partition function posterior probabilities

• sug: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• sug: raxml

  синтез филогенетических деревьев по методу максимального правдоподобия

• sug: treeviewx

  Displays and prints phylogenetic trees

Загрузка prime-phylo

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	753,9 Кб	3 662,0 Кб	[список файлов]