Пакет: tophat-recondition (1.4-3)

[ Источник: tophat-recondition  ]

post-processor for TopHat unmapped reads

tophat-recondition is a post-processor for TopHat unmapped reads (contained in unmapped.bam), making them compatible with downstream tools (e.g., the Picard suite, samtools, GATK) (TopHat issue #17). It also works around bugs in TopHat:

 * the "mate is unmapped" SAM flag is not set on any reads in the
   unmapped.bam file (TopHat issue #3)
 * the mapped mate of an unmapped read can be absent from
   accepted_hits.bam, creating a mismatch between the file and the unmapped
   read's flags (TopHat issue #16)

Другие пакеты, относящиеся к tophat-recondition

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

• sug: tophat2

  Пакет недоступен

Загрузка tophat-recondition

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
all	10,9 Кб	36,0 Кб	[список файлов]