все параметры
[  trixie  ] [  sid  ] [  experimental  ]
[ Источник: r-bioc-densvis  ]

Пакет: r-bioc-densvis (1.16.0+dfsg-1 и другие)

Ссылки для r-bioc-densvis

Screenshot

Ресурсы Debian:

Исходный код r-bioc-densvis:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Подобные пакеты:

Экспериментальный пакет

Предупреждение: данный пакет находится в экспериментальной ветке дистрибутива. Это означает, что он нестабилен или содержит ошибки, и даже может вызвать потерю данных. Перед использованием внимательно прочитайте файл changelog и другую доступную документацию.

density-preserving data visualization via non-linear dimensionality reduction

Implements the density-preserving modification to t-SNE and UMAP described by Narayan et al. (2020) <doi:10.1101/2020.05.12.077776>. The non-linear dimensionality reduction techniques t-SNE and UMAP enable users to summarise complex high-dimensional sequencing data such as single cell RNAseq using lower dimensional representations. These lower dimensional representations enable the visualisation of discrete transcriptional states, as well as continuous trajectory (for example, in early development). However, these methods focus on the local neighbourhood structure of the data. In some cases, this results in misleading visualisations, where the density of cells in the low-dimensional embedding does not represent the transcriptional heterogeneity of data in the original high-dimensional space. den-SNE and densMAP aim to enable more accurate visual interpretation of high-dimensional datasets by producing lower-dimensional embeddings that accurately represent the heterogeneity of the original high-dimensional space, enabling the identification of homogeneous and heterogeneous cell states. This accuracy is accomplished by including in the optimisation process a term which considers the local density of points in the original high-dimensional space. This can help to create visualisations that are more representative of heterogeneity in the original high-dimensional space.

Другие пакеты, относящиеся к r-bioc-densvis

  • зависимости
  • рекомендации
  • предложения
  • enhances

Загрузка r-bioc-densvis

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура Версия Размер пакета В установленном виде Файлы
alpha (неофициальный перенос) 1.14.0+dfsg-1~0exp1 79,5 Кб215,0 Кб [список файлов]
amd64 1.16.0+dfsg-1 82,6 Кб204,0 Кб [список файлов]
arm64 1.16.0+dfsg-1 77,0 Кб216,0 Кб [список файлов]
mips64el 1.16.0+dfsg-1 77,4 Кб224,0 Кб [список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос) 1.16.0+dfsg-1 86,8 Кб283,0 Кб [список файлов]
ppc64el 1.16.0+dfsg-1 85,9 Кб280,0 Кб [список файлов]
riscv64 1.16.0+dfsg-1 80,8 Кб184,0 Кб [список файлов]
s390x 1.16.0+dfsg-1 85,6 Кб220,0 Кб [список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос) 1.16.0+dfsg-1 74,8 Кб1 117,0 Кб [список файлов]