Пакет: ssake (4.0-2)

[ Источник: ssake  ]

genomics application for assembling millions of very short DNA sequences

The Short Sequence Assembly by K-mer search and 3′ read Extension (SSAKE) is a genomics application for aggressively assembling millions of short nucleotide sequences by progressively searching for perfect 3′-most k-mers using a DNA prefix tree. SSAKE is designed to help leverage the information from short sequences reads by stringently clustering them into contigs that can be used to characterize novel sequencing targets.

Теги: Область: Биология, Реализовано на: Perl, implemented-in::python, interface::commandline, Пользовательский интерфейс: Командная оболочка, Роль: role::program, scope::utility, Цель: Анализ

Другие пакеты, относящиеся к ssake

• dep: libperl4-corelibs-perl

  libraries historically supplied with Perl 4

• dep: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• dep: python

  интерактивный объектно-ориентированный язык высокого уровня (ветка 2.x)

• sug: ssake-examples

  example data for SSAKE, a genomic assembler of short reads

Загрузка ssake

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
all	48,4 Кб	213,0 Кб	[список файлов]