Пакет: assemblytics (1.0+ds-1)

[ Источник: assemblytics  ]

detect and analyze structural variants from a genome assembly

Assemblytics incorporates a unique anchor filtering approach to increase robustness to repetitive elements, and identifies six classes of variants based on their distinct alignment signatures. Assemblytics can be applied both to comparing aberrant genomes, such as human cancers, to a reference, or to identify differences between related species.

Другие пакеты, относящиеся к assemblytics

• dep: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• dep: python

  интерактивный объектно-ориентированный язык высокого уровня (ветка 2.x)

• dep: python-numpy

  быстрые методы работы с числовыми массивами – модуль для языка Python

• dep: r-base-core

  GNU R core of statistical computation and graphics system

• dep: r-cran-ggplot2

  implementation of the Grammar of Graphics

• dep: r-cran-plyr

  tools for splitting, applying and combining data

• dep: r-cran-rcolorbrewer

  GNU R package providing suitable color palettes

• rec: mummer

  Efficient sequence alignment of full genomes

Загрузка assemblytics

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
all	18,4 Кб	88,0 Кб	[список файлов]