Пакет: jellyfish1 (1.1.11-4)
Ссылки для jellyfish1
Ресурсы Debian:
- Сообщения об ошибках
- Developer Information
- Debian журнал изменений
- Файл авторских прав
- Отслеживание заплат Debian
Исходный код jellyfish1:
Сопровождающие:
- Debian Med Packaging Team (Страница КК, Почтовый архив)
- Shaun Jackman (Страница КК)
- Andreas Tille (Страница КК)
Внешние ресурсы:
- Сайт [www.cbcb.umd.edu]
Подобные пакеты:
count k-mers in DNA sequences
JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.
JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.
This is the latest version of the 1.x series of jellyfish which is used by some other applications that are not compatible with version 2.x which is provided inside the jellyfish package.
Другие пакеты, относящиеся к jellyfish1
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.4)
- библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
-
- dep: libgcc1 (>= 1:4.2)
- вспомогательная библиотека GCC
-
- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- стандартная библиотека GNU C++ версии 3
-
- enh: kraken
- assigning taxonomic labels to short DNA sequences
Загрузка jellyfish1
Архитектура | Размер пакета | В установленном виде | Файлы |
---|---|---|---|
i386 | 161,6 Кб | 711,0 Кб | [список файлов] |