Пакет: idba (1.1.3-3)
Ссылки для idba
Ресурсы Debian:
- Сообщения об ошибках
- Developer Information
- Debian журнал изменений
- Файл авторских прав
- Отслеживание заплат Debian
Исходный код idba:
Сопровождающие:
Внешние ресурсы:
- Сайт [github.com]
Подобные пакеты:
iterative De Bruijn Graph short read assemblers
IDBA stands for iterative de Bruijn graph assembler. In computational sequence biology, an assembler solves the puzzle coming from large sequencing machines that feature many gigabytes of short reads from a large genome.
This package provides several flavours of the IDBA assembler, as they all share the same source tree but serve different purposes and evolved over time.
IDBA is the basic iterative de Bruijn graph assembler for second-generation sequencing reads. IDBA-UD, an extension of IDBA, is designed to utilize paired-end reads to assemble low-depth regions and use progressive depth on contigs to reduce errors in high-depth regions. It is a generic purpose assembler and especially good for single-cell and metagenomic sequencing data. IDBA-Hybrid is another update version of IDBA-UD, which can make use of a similar reference genome to improve assembly result. IDBA-Tran is an iterative de Bruijn graph assembler for RNA-Seq data.
Другие пакеты, относящиеся к idba
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.4)
- библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
-
- dep: libgcc1 (>= 1:7)
- вспомогательная библиотека GCC
-
- dep: libgomp1 (>= 4.9)
- вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)
-
- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- стандартная библиотека GNU C++ версии 3
-
- dep: python
- интерактивный объектно-ориентированный язык высокого уровня (ветка 2.x)
Загрузка idba
Архитектура | Размер пакета | В установленном виде | Файлы |
---|---|---|---|
i386 | 417,7 Кб | 2 831,0 Кб | [список файлов] |