Пакет: discosnp (2.3.0-2)
Ссылки для discosnp
Ресурсы Debian:
- Сообщения об ошибках
- Developer Information
- Debian журнал изменений
- Файл авторских прав
- Отслеживание заплат Debian
Исходный код discosnp:
Сопровождающие:
- Debian Med Packaging Team (Страница КК, Почтовый архив)
- Olivier Sallou (Страница КК)
- Andreas Tille (Страница КК)
Внешние ресурсы:
- Сайт [colibread.inria.fr]
Подобные пакеты:
discovering Single Nucleotide Polymorphism from raw set(s) of reads
Software discoSnp is designed for discovering Single Nucleotide Polymorphism (SNP) from raw set(s) of reads obtained with Next Generation Sequencers (NGS).
Note that number of input read sets is not constrained, it can be one, two, or more. Note also that no other data as reference genome or annotations are needed.
The software is composed by two modules. First module, kissnp2, detects SNPs from read sets. A second module, kissreads, enhance the kissnp2 results by computing per read set and for each found SNP:
1) its mean read coverage 2) the (phred) quality of reads generating the polymorphism.
This program is superseded by DiscoSnp++.
Другие пакеты, относящиеся к discosnp
|
|
|
|
-
- dep: gatb-core
- Genome Analysis Toolbox with de-Bruijn graph
-
- dep: libc6 (>= 2.8)
- библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
-
- dep: libgatbcore2 (>= 1.4.1+git20181225.44d5a44+dfsg)
- dynamic library of the Genome Analysis Toolbox
-
- dep: libgcc1 (>= 1:4.2)
- вспомогательная библиотека GCC
-
- dep: libhdf5-103
- Hierarchical Data Format 5 (HDF5) - runtime files - serial version
-
- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- стандартная библиотека GNU C++ версии 3
-
- dep: python3
- интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- библиотека сжатия
Загрузка discosnp
Архитектура | Размер пакета | В установленном виде | Файлы |
---|---|---|---|
i386 | 781,0 Кб | 1 544,0 Кб | [список файлов] |