Пакет: discosnp (2.3.0-2)

[ Источник: discosnp  ]

discovering Single Nucleotide Polymorphism from raw set(s) of reads

Software discoSnp is designed for discovering Single Nucleotide Polymorphism (SNP) from raw set(s) of reads obtained with Next Generation Sequencers (NGS).

Note that number of input read sets is not constrained, it can be one, two, or more. Note also that no other data as reference genome or annotations are needed.

The software is composed by two modules. First module, kissnp2, detects SNPs from read sets. A second module, kissreads, enhance the kissnp2 results by computing per read set and for each found SNP:

 1) its mean read coverage
 2) the (phred) quality of reads generating the polymorphism.

This program is superseded by DiscoSnp++.

Другие пакеты, относящиеся к discosnp

• dep: gatb-core

  Genome Analysis Toolbox with de-Bruijn graph

• dep: libc6 (>= 2.8)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgatbcore2 (>= 1.4.1+git20181225.44d5a44+dfsg)

  dynamic library of the Genome Analysis Toolbox

• dep: libgcc1 (>= 1:4.2)

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libhdf5-103

  Hierarchical Data Format 5 (HDF5) - runtime files - serial version

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  библиотека сжатия

Загрузка discosnp

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
i386	781,0 Кб	1 544,0 Кб	[список файлов]