Пакет: barrnap (0.9+dfsg-1)

Ссылки для barrnap

Ресурсы Debian:

Исходный код barrnap:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [www.vicbioinformatics.com]

Подобные пакеты:

rapid ribosomal RNA prediction

Barrnap (BAsic Rapid Ribosomal RNA Predictor) predicts the location of ribosomal RNA genes in genomes. It supports bacteria (5S,23S,16S), archaea (5S,5.8S,23S,16S), mitochondria (12S,16S) and eukaryotes (5S,5.8S,28S,18S).

It takes FASTA DNA sequence as input, and writes GFF3 as output. It uses the NHMMER tool that comes with HMMER 3.1 for HMM searching in RNA:DNA style. Multithreading is supported and one can expect roughly linear speed-ups with more CPUs.

Теги: Область: Биология, Биоинформатика, Реализовано на: implemented-in::perl, interface::commandline, Роль: Программа, Цель: use::searching, works-with::biological-sequence

Другие пакеты, относящиеся к barrnap

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: bedtools

suite of utilities for comparing genomic features
dep: hmmer (>= 3.1)

profile hidden Markov models for protein sequence analysis
dep: perl

практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

Загрузка barrnap

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
all	199,2 Кб	1 440,0 Кб	[список файлов]