Пакет: tophat (2.1.1+dfsg1-2 и другие)

[ Источник: tophat  ]

fast splice junction mapper for RNA-Seq reads

TopHat aligns RNA-Seq reads to mammalian-sized genomes using the ultra high-throughput short read aligner Bowtie, and then analyzes the mapping results to identify splice junctions between exons. TopHat is a collaborative effort between the University of Maryland Center for Bioinformatics and Computational Biology and the University of California, Berkeley Departments of Mathematics and Molecular and Cell Biology.

Другие пакеты, относящиеся к tophat

• dep: bowtie2

  ultrafast memory-efficient short read aligner

  или bowtie

  Ultrafast memory-efficient short read aligner

• dep: libboost-system1.67.0

  Operating system (e.g. diagnostics support) library

• dep: libboost-thread1.67.0

  portable C++ multi-threading

• dep: libc6 (>= 2.17)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: python

  интерактивный объектно-ориентированный язык высокого уровня (ветка 2.x)

• dep: samtools (>= 1.5)

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  библиотека сжатия

• sug: cufflinks

  Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Загрузка tophat

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
arm64	2.1.1+dfsg1-2+b1	591,7 Кб	3 567,0 Кб	[список файлов]