Пакет: freecontact (1.0.21-7 и другие)

[ Источник: freecontact  ]

fast protein contact predictor

FreeContact is a protein residue contact predictor optimized for speed. Its input is a multiple sequence alignment. FreeContact can function as an accelerated drop-in for the published contact predictors EVfold-mfDCA of DS. Marks (2011) and PSICOV of D. Jones (2011).

FreeContact is accelerated by a combination of vector instructions, multiple threads, and faster implementation of key parts. Depending on the alignment, 8-fold or higher speedups are possible.

A sufficiently large alignment is required for meaningful results. As a minimum, an alignment with an effective (after-weighting) sequence count bigger than the length of the query sequence should be used. Alignments with tens of thousands of (effective) sequences are considered good input.

jackhmmer(1) from the hmmer package, or hhblits(1) from hhsuite can be used to generate the alignments, for example.

This package contains the command line tool freecontact(1).

Другие пакеты, относящиеся к freecontact

• dep: libboost-program-options1.67.0

  program options library for C++

• dep: libc6 (>= 2.14)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libfreecontact0v5

  fast protein contact predictor library

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1)

  вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: libxerces-c3.2

  validating XML parser library for C++

• dep: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• sug: bash-completion

  программируемое дополнение ввода для оболочки командной строки bash

• sug: hhsuite

  sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment

• sug: hmmer

  profile hidden Markov models for protein sequence analysis

Загрузка freecontact

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	1.0.21-7+b1	336,9 Кб	1 618,0 Кб	[список файлов]