Пакет: samblaster (0.1.26-1)

[ Источник: samblaster  ]

marks duplicates, extracts discordant/split reads

Current "next-generation" sequencing technologies cannot tell what exact sequence they will be reading. They take what is available. And if some sequences are read very often, then this needs some extra biomedical thinking. The genome could for instance be duplicated.

samblaster is a fast and flexible program for marking duplicates in read-id grouped paired-end SAM files. It can also optionally output discordant read pairs and/or split read mappings to separate SAM files, and/or unmapped/clipped reads to a separate FASTQ file. When marking duplicates, samblaster will require approximately 20MB of memory per 1M read pairs.

Другие пакеты, относящиеся к samblaster

• dep: libc6 (>= 2.1.3) [i386]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.2) [mips64el, mipsel]

  dep: libc6 (>= 2.4) [armel, armhf, s390x]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [mipsel]

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

Загрузка samblaster

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	25,4 Кб	65,0 Кб	[список файлов]
arm64	23,8 Кб	61,0 Кб	[список файлов]
armel	23,8 Кб	61,0 Кб	[список файлов]
armhf	23,7 Кб	53,0 Кб	[список файлов]
i386	26,5 Кб	65,0 Кб	[список файлов]
mips64el	26,5 Кб	73,0 Кб	[список файлов]
mipsel	26,6 Кб	72,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	27,4 Кб	86,0 Кб	[список файлов]
s390x	23,6 Кб	61,0 Кб	[список файлов]