[ Источник: picard-tools ]
Пакет: picard-tools (2.24.1+dfsg-1)
Ссылки для picard-tools
Ресурсы Debian:
- Сообщения об ошибках
- Developer Information
- Debian журнал изменений
- Файл авторских прав
- Отслеживание заплат Debian
Исходный код picard-tools:
- [picard-tools_2.24.1+dfsg-1.dsc]
- [picard-tools_2.24.1+dfsg.orig.tar.xz]
- [picard-tools_2.24.1+dfsg-1.debian.tar.xz]
Сопровождающие:
- Debian Med Packaging Team (Страница КК, Почтовый архив)
- Charles Plessy (Страница КК)
- Olivier Sallou (Страница КК)
- Vincent Danjean (Страница КК)
- Andreas Tille (Страница КК)
- Steffen Moeller (Страница КК)
Внешние ресурсы:
- Сайт [broadinstitute.github.io]
Подобные пакеты:
Command line tools to manipulate SAM and BAM files
SAM (Sequence Alignment/Map) format is a generic format for storing large nucleotide sequence alignments. Picard Tools includes these utilities to manipulate SAM and BAM files:
AddCommentsToBam FifoBuffer AddOrReplaceReadGroups FilterSamReads BaitDesigner FilterVcf BamIndexStats FixMateInformation BamToBfq GatherBamFiles BedToIntervalList GatherVcfs BuildBamIndex GenotypeConcordance CalculateHsMetrics IlluminaBasecallsToFastq CalculateReadGroupChecksum IlluminaBasecallsToSam CheckIlluminaDirectory LiftOverIntervalList CheckTerminatorBlock LiftoverVcf CleanSam MakeSitesOnlyVcf CollectAlignmentSummaryMetrics MarkDuplicates CollectBaseDistributionByCycle MarkDuplicatesWithMateCigar CollectGcBiasMetrics MarkIlluminaAdapters CollectHiSeqXPfFailMetrics MeanQualityByCycle CollectIlluminaBasecallingMetrics MergeBamAlignment CollectIlluminaLaneMetrics MergeSamFiles CollectInsertSizeMetrics MergeVcfs CollectJumpingLibraryMetrics NormalizeFasta CollectMultipleMetrics PositionBasedDownsampleSam CollectOxoGMetrics QualityScoreDistribution CollectQualityYieldMetrics RenameSampleInVcf CollectRawWgsMetrics ReorderSam CollectRnaSeqMetrics ReplaceSamHeader CollectRrbsMetrics RevertOriginalBaseQualitiesAndAddMateCigar CollectSequencingArtifactMetrics RevertSam CollectTargetedPcrMetrics SamFormatConverter CollectVariantCallingMetrics SamToFastq CollectWgsMetrics ScatterIntervalsByNs CompareMetrics SortSam CompareSAMs SortVcf ConvertSequencingArtifactToOxoG SplitSamByLibrary CreateSequenceDictionary SplitVcfs DownsampleSam UpdateVcfSequenceDictionary EstimateLibraryComplexity ValidateSamFile ExtractIlluminaBarcodes VcfFormatConverter ExtractSequences VcfToIntervalList FastqToSam ViewSam
Другие пакеты, относящиеся к picard-tools
|
|
|
|
-
- dep: default-jre
- Standard Java or Java compatible Runtime
- или java6-runtime
- виртуальный пакет, предоставляемый default-jre, openjdk-11-jre, openjdk-17-jre
-
- dep: libpicard-java (= 2.24.1+dfsg-1)
- Java library to manipulate SAM and BAM files
Загрузка picard-tools
| Архитектура | Размер пакета | В установленном виде | Файлы |
|---|---|---|---|
| all | 305,5 Кб | 331,0 Кб | [список файлов] |