Пакет: tiddit (2.12.0+dfsg-3 и другие)

[ Источник: tiddit  ]

structural variant calling

TIDDIT is a tool to used to identify chromosomal rearrangements using Mate Pair or Paired End sequencing data. TIDDIT identifies intra and inter- chromosomal translocations, deletions, tandem-duplications and inversions, using supplementary alignments as well as discordant pairs.

TIDDIT has two analysis modules. The sv mode, which is used to search for structural variants. And the cov mode that analyse the read depth of a bam file and generates a coverage report.

Другие пакеты, относящиеся к tiddit

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg)

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libc6 (>= 2.4)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

  dep: python3 (<< 3.10)

  dep: python3 (>= 3.9~)

Загрузка tiddit

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
i386	2.12.0+dfsg-3+b1	239,5 Кб	1 019,0 Кб	[список файлов]