Пакет: maq (0.7.1-9)

[ Источник: maq  ]

maps short fixed-length polymorphic DNA sequence reads to reference sequences

Maq (short for Mapping and Assembly with Quality) builds mapping assemblies from short reads generated by the next-generation sequencing machines. It was particularly designed for Illumina-Solexa 1G Genetic Analyzer, and has a preliminary functionality to handle ABI SOLiD data. Maq is previously known as mapass2.

Developmemt of Maq stopped in 2008. Its successors are BWA and SAMtools.

Теги: Область: Биология, Биоинформатика, Реализовано на: implemented-in::c++, implemented-in::perl, Пользовательский интерфейс: Командная строка, Роль: role::program, scope::utility, Цель: Требуется дополнительный тег, Анализ, use::comparing, use::searching, Поддерживаемые форматы: Требуется дополнительный тег, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Другие пакеты, относящиеся к maq

• dep: libc6 (>= 2.29)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  библиотека сжатия

• sug: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• sug: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Загрузка maq

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	295,7 Кб	543,0 Кб	[список файлов]