Пакет: smalt (0.7.6-12)

[ Источник: smalt  ]

Sequence Mapping and Alignment Tool

SMALT efficiently aligns DNA sequencing reads with a reference genome. Reads from a wide range of sequencing platforms, for example Illumina, Roche-454, Ion Torrent, PacBio or ABI-Sanger, can be processed including paired reads.

The software employs a perfect hash index of short words (< 20 nucleotides long), sampled at equidistant steps along the genomic reference sequences.

For each read, potentially matching segments in the reference are identified from seed matches in the index and subsequently aligned with the read using a banded Smith-Waterman algorithm.

The best gapped alignments of each read is reported including a score for the reliability of the best mapping. The user can adjust the trade-off between sensitivity and speed by tuning the length and spacing of the hashed words.

A mode for the detection of split (chimeric) reads is provided. Multi-threaded program execution is supported.

Другие пакеты, относящиеся к smalt

• dep: libbambamc0 (>= 0.0.50)

  Runtime library for reading and writing BAM (genome alignment) files

• dep: libc6 (>= 2.29)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)

  библиотека сжатия

Загрузка smalt

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	112,0 Кб	307,0 Кб	[список файлов]
arm64	101,9 Кб	287,0 Кб	[список файлов]
armel	97,1 Кб	273,0 Кб	[список файлов]
armhf	96,1 Кб	197,0 Кб	[список файлов]
i386	124,0 Кб	345,0 Кб	[список файлов]
mips64el	106,7 Кб	343,0 Кб	[список файлов]
mipsel	112,7 Кб	341,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	124,1 Кб	407,0 Кб	[список файлов]
s390x	105,0 Кб	319,0 Кб	[список файлов]