Пакет: libfreecontact-perl (0.08-9 и другие)

[ Источник: libfreecontact-perl  ]

fast protein contact predictor - binding for Perl

FreeContact is a protein residue contact predictor optimized for speed. Its input is a multiple sequence alignment. FreeContact can function as an accelerated drop-in for the published contact predictors EVfold-mfDCA of DS. Marks (2011) and PSICOV of D. Jones (2011).

FreeContact is accelerated by a combination of vector instructions, multiple threads, and faster implementation of key parts. Depending on the alignment, 8-fold or higher speedups are possible.

A sufficiently large alignment is required for meaningful results. As a minimum, an alignment with an effective (after-weighting) sequence count bigger than the length of the query sequence should be used. Alignments with tens of thousands of (effective) sequences are considered good input.

jackhmmer(1) from the hmmer package, or hhblits(1) from hhsuite can be used to generate the alignments, for example.

This package contains the Perl binding.

Теги: Разработка программного обеспечения: Разработка на Perl, Библиотеки, Реализовано на: implemented-in::c, implemented-in::perl, Роль: Библиотека разработчика

Другие пакеты, относящиеся к libfreecontact-perl

• dep: libc6 (>= 2.34)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libfreecontact0v5 (>= 1.0.21)

  fast protein contact predictor library

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: perl (>= 5.36.0-4)

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• dep: perlapi-5.36.0

  виртуальный пакет, предоставляемый perl-base

Загрузка libfreecontact-perl

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
s390x	0.08-9+b2	60,9 Кб	214,0 Кб	[список файлов]