Пакет: nanopolish (0.14.0-1)

[ Источник: nanopolish  ]

consensus caller for nanopore sequencing data

Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.

Другие пакеты, относящиеся к nanopolish

• dep: libc6 (>= 2.29)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4)

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libhdf5-103-1

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libslow5-0 (>= 0.5.1+dfsg)

  library for reading & writing SLOW5 files

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: libstreamvbyte0 (>= 0.4.1)

  fast integer compression in C using the StreamVByte codec

• dep: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  библиотека сжатия

• rec: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• rec: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• sug: make

  утилита управления компиляцией

• sug: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

Загрузка nanopolish

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
ppc64el	2 159,1 Кб	9 667,0 Кб	[список файлов]