Пакет: chromhmm (1.24+dfsg-1)
Ссылки для chromhmm
Ресурсы Debian:
- Сообщения об ошибках
- Developer Information
- Debian журнал изменений
- Файл авторских прав
- Отслеживание заплат Debian
Исходный код chromhmm:
Сопровождающие:
Внешние ресурсы:
- Сайт [compbio.mit.edu]
Подобные пакеты:
Chromatin state discovery and characterization
ChromHMM is software for learning and characterizing chromatin states. ChromHMM can integrate multiple chromatin datasets such as ChIP-seq data of various histone modifications to discover de novo the major re-occuring combinatorial and spatial patterns of marks. ChromHMM is based on a multivariate Hidden Markov Model that explicitly models the presence or absence of each chromatin mark. The resulting model can then be used to systematically annotate a genome in one or more cell types. By automatically computing state enrichments for large-scale functional and annotation datasets ChromHMM facilitates the biological characterization of each state. ChromHMM also produces files with genome-wide maps of chromatin state annotations that can be directly visualized in a genome browser.
Другие пакеты, относящиеся к chromhmm
|
|
|
|
-
- dep: default-jre
- Standard Java or Java compatible Runtime
- или java7-runtime
- виртуальный пакет, предоставляемый default-jre, openjdk-17-jre
- или java8-runtime
- виртуальный пакет, предоставляемый default-jre, openjdk-17-jre
- или java9-runtime
- виртуальный пакет, предоставляемый default-jre, openjdk-17-jre
- или java10-runtime
- виртуальный пакет, предоставляемый default-jre, openjdk-17-jre
- или java11-runtime
- виртуальный пакет, предоставляемый default-jre, openjdk-17-jre
-
- dep: libbatik-java
- xml.apache.org SVG Library
-
- dep: libhtsjdk-java
- Java API for high-throughput sequencing data (HTS) formats
-
- dep: libjheatchart-java
- Heat map charting library for Java
Загрузка chromhmm
Архитектура | Размер пакета | В установленном виде | Файлы |
---|---|---|---|
all | 191,1 Кб | 207,0 Кб | [список файлов] |