Пакет: ncbi-epcr (2.3.12-1-9)

[ Источник: epcr  ]

Tool to test a DNA sequence for the presence of sequence tagged sites

Electronic PCR (e-PCR) is computational procedure that is used to identify sequence tagged sites(STSs), within DNA sequences. e-PCR looks for potential STSs in DNA sequences by searching for subsequences that closely match the PCR primers and have the correct order, orientation, and spacing that could represent the PCR primers used to generate known STSs.

The new version of e-PCR implements a fuzzy matching strategy. To reduce likelihood that a true STS will be missed due to mismatches, multiple discontiguous words may be used instead of a single exact word. Each of this word has groups of significant positions separated by 'wildcard' positions that are not required to match. In addition, it is also possible to allow gaps in the primer alignments.

The main motivation for implementing reverse searching (called Reverse e-PCR) was to make it feasible to search the human genome sequence and other large genomes. The new version of e-PCR provides a search mode using a query sequence against a sequence database.

This program is retired upstream and it is suggested to use Primer-Blast

 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/

instead.

Теги: Область: Биология, Биоинформатика, Реализовано на: implemented-in::c++, interface::commandline, Роль: Программа, Область: Утилита, Цель: use::checking, use::searching, Поддерживаемые форматы: Простой текст, Работает с: Требуется дополнительный тег

Другие пакеты, относящиеся к ncbi-epcr

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.4) [не amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [не amd64, armel, armhf, s390x]

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• sug: bioperl

  Perl tools for computational molecular biology

Загрузка ncbi-epcr

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	164,4 Кб	496,0 Кб	[список файлов]
arm64	153,9 Кб	460,0 Кб	[список файлов]
armel	143,5 Кб	416,0 Кб	[список файлов]
armhf	144,3 Кб	332,0 Кб	[список файлов]
i386	172,0 Кб	512,0 Кб	[список файлов]
mips64el	162,7 Кб	594,0 Кб	[список файлов]
mipsel	160,7 Кб	542,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	167,9 Кб	692,0 Кб	[список файлов]
s390x	153,5 Кб	496,0 Кб	[список файлов]