Pacote: veryfasttree (4.0.4+dfsg-1 e outros)

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Pacotes similares:

Speeding up the estimation of phylogenetic trees from sequences

VeryFastTree is a highly efficient implementation inspired by the FastTree-2 tool, designed to expedite the inference of approximately-maximum-likelihood phylogenetic trees from nucleotide or protein sequence alignments. It is an optimized implementation designed to accelerate the estimation of phylogenies for large alignments. By leveraging parallelization and vectorization strategies, VeryFastTree significantly improves the performance and scalability of phylogenetic analysis, allowing it to construct phylogenetic trees in a fraction of the time previously required.

Maintaining the integrity of FastTree-2, VeryFastTree retains the same phases, methods, and heuristics used for estimating phylogenetic trees. This ensures that the topological accuracy of the trees produced by VeryFastTree remains equivalent to that of FastTree-2. Moreover, unlike the parallel version of FastTree-2, VeryFastTree guarantees deterministic results, eliminating any potential variations in the output.

To facilitate a seamless transition for users, VeryFastTree adopts the exact same command line arguments as FastTree-2. This means that by simply substituting FastTree-2 with VeryFastTree, and using the same set of options, users can significantly enhance the overall performance of their phylogenetic analyses.

Outros pacotes relacionados a veryfasttree

depende

recomenda

sugere

melhora

dep: libbz2-1.0

bib. de alta qualid. de compactação de arqs. bas. em ordenação de blocos - exec
dep: libc6 (>= 2.38) [não alpha, ia64, loong64, sh4]

GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [não armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, sh4, sparc64]

Biblioteca de suporte GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

Biblioteca de suporte GCC
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

Biblioteca de suporte GCC
dep: libgomp1 (>= 6)

biblioteca de suporte ao GCC OpenMP (GOMP)
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

Biblioteca C++ padrão da GNU v3

dep: libstdc++6 (>= 14) [não ia64, m68k]
dep: libunwind8 [ia64]

biblioteca para determinar a cadeia de chamadas de um programa - execução
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

Download de veryfasttree

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis
Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	4.0.4+dfsg-1	497.0 kB	1,929.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	4.0.4+dfsg-1	2,288.5 kB	19,888.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	4.0.4+dfsg-1	480.2 kB	1,605.0 kB	[lista de arquivos]
armel	4.0.4+dfsg-1	520.7 kB	1,720.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	4.0.4+dfsg-1	505.0 kB	1,200.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	4.0.4+dfsg-1	559.1 kB	1,754.0 kB	[lista de arquivos]
i386	4.0.4+dfsg-1	580.2 kB	1,932.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	4.0.3+dfsg-1	599.0 kB	3,369.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	4.0.4+dfsg-1	513.7 kB	1,701.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	4.0.4+dfsg-1	515.8 kB	1,796.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	4.0.4+dfsg-1	468.3 kB	2,045.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	4.0.4+dfsg-1	530.4 kB	2,181.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	4.0.4+dfsg-1	558.6 kB	2,053.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	4.0.4+dfsg-1	520.8 kB	1,269.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	4.0.4+dfsg-1	587.3 kB	2,049.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	4.0.4+dfsg-1	741.1 kB	1,797.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	4.0.4+dfsg-1	452.3 kB	2,123.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	4.0.4+dfsg-1	680.4 kB	2,928.0 kB	[lista de arquivos]