Pacote: tandem-mass (1:201702011-1 e outros)

[ Fonte: tandem-mass  ]

mass spectrometry software for protein identification

X! Tandem can match tandem mass spectra with peptide sequences, in a process that is commonly used to perform protein identification.

This software has a very simple, unsophisticated application programming interface (API): it simply takes an XML file of instructions on its command line, and outputs the results into an XML file, which has been specified in the input XML file. The output file format is described at http://www.thegpm.org/docs/X_series_output_form.pdf.

Unlike some earlier generation search engines, all of the X! Series search engines calculate statistical confidence (expectation values) for all of the individual spectrum-to-sequence assignments. They also reassemble all of the peptide assignments in a data set onto the known protein sequences and assign the statistical confidence that this assembly and alignment is non-random. The formula for which can be found here. Therefore, separate assembly and statistical analysis software, e.g. PeptideProphet and ProteinProphet, do not need to be used.

Outros pacotes relacionados a tandem-mass

• dep: libc6 (>= 2.27) [não alpha, ia64, loong64, riscv64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.36) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.27) [alpha, ia64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

• dep: libexpat1 (>= 2.0.1)

  biblioteca C para analisar XML - biblioteca de execução

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [loong64]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  Pacote não disponível

  dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [alpha, sh4, sparc64]

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [ia64]

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Pacote não disponível

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Pacote não disponível

• dep: libstdc++6 (>= 11) [loong64]

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [não loong64, riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  biblioteca para determinar a cadeia de chamadas de um programa - execução

Download de tandem-mass

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	1:201702011-1	216.6 kB	745.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	1:201702011-1+b1	220.0 kB	641.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	1:201702011-1	191.3 kB	564.0 kB	[lista de arquivos]
armel	1:201702011-1	182.0 kB	539.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	1:201702011-1	187.8 kB	387.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	1:201702011-1	226.4 kB	642.0 kB	[lista de arquivos]
i386	1:201702011-1	235.7 kB	679.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	1:201702011-1	290.8 kB	1,314.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	1:201702011-1	181.4 kB	567.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	1:201702011-1	180.9 kB	574.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	1:201702011-1	203.9 kB	790.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	1:201702011-1	221.1 kB	794.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	1:201702011-1	228.1 kB	792.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	1:201702011-1+b1	198.7 kB	460.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	1:201702011-1	187.3 kB	636.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	1:201702011-1	240.0 kB	550.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	1:201702011-1	181.0 kB	604.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	1:201702011-1	207.9 kB	583.0 kB	[lista de arquivos]