Package: sim4 (0.0.20121010-8) [debports]

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ferramenta para alinhamento cDNA e DNA genômico

sim4 é uma ferramenta baseada em similaridade para alinhar uma seqüência de DNA (EST, cDNA, mRNA) representada com uma seqüência genômica para o gene. Ela também detecta o fim de combinações quando as duas seqüências de entrada coincidem no final (i.e., o início de uma seqüência coincide com o fim da outra).

sim4 emprega uma técnica baseada em BLAST para determinar primeiro os blocos de combinação básicos representando os núcleos exão ("exon cores"). Neste primeiro estágio, ela detecta todas as combinações exatas possíveis de W-mers (i.e., palavras de DNA de tamanho W) entre as duas seqüências e estende-as à máxima pontuação de segmentos sem lacunas. No segundo estágio, os núcleos exão são estendidos dentro de fragmentos ainda-não-combinados adjacentes usando algoritmos gulosos de alinhamento, e heurísticas são usadas para favorecer configurações que obedecem o reconhecimento de sinais "splice-site" (GT-AG, CT-AC). Se necessário, o processo é repetido com parâmetros menos rigorosos em fragmentos não combinados.

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