Pacote: prottest (3.4.2+dfsg-8)

[ Fonte: prottest  ]

seleção de modelos mais ajustados para evolução proteica

PROTTEST (ModelTest's relative) é um programa para selecionar o modelo da evolução proteica que melhor se ajusta a dado conjunto de sequências (alinhamento). Este programa java é baseado no programa Phyml (para cálculos de probabilidade máxima e otimização de parâmetros) e usa a biblioteca PAL também. Modelos incluídos são matrizes de substituição empírica (tais como WAG, LG, mtREV, Dayhoff, DCMut, JTT, VT, Blosum62, CpREV, RtREV, MtMam, MtArt, HIVb e HIVw) que indicam taxas relativas de substituição de aminoácidos e melhorias específicas (+I: locais invariáveis, +G: heterogeneidade de taxas entre locais, +F: frequências de aminoácidos observados) para lidar com as restrições evolucionárias impostas pela conservação de estrutura e função proteicas. ProtTest usa o Critério de Informação de Akaike (AIC) e outras estatísticas (AICc e BIC) para encontrar quais dos modelos candidatos melhor se ajustam aos dados em mãos.

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