Pacote: prodigal (1:2.6.3-6 e outros)

[ Fonte: prodigal  ]

Microbial (bacterial and archaeal) gene finding program

Prodigal (Prokaryotic Dynamic Programming Genefinding Algorithm) is a microbial (bacterial and archaeal) gene finding program developed at Oak Ridge National Laboratory and the University of Tennessee. Key features of Prodigal include:

Speed: Prodigal is an extremely fast gene recognition tool (written in very vanilla C). It can analyze an entire microbial genome in 30 seconds or less.

Accuracy: Prodigal is a highly accurate gene finder. It correctly locates the 3' end of every gene in the experimentally verified Ecogene data set (except those containing introns). It possesses a very sophisticated ribosomal binding site scoring system that enables it to locate the translation initiation site with great accuracy (96% of the 5' ends in the Ecogene data set are located correctly).

Specificity: Prodigal's false positive rate compares favorably with other gene identification programs, and usually falls under 5%.

GC-Content Indifferent: Prodigal performs well even in high GC genomes, with over a 90% perfect match (5'+3') to the Pseudomonas aeruginosa curated annotations.

Metagenomic Version: Prodigal can run in metagenomic mode and analyze sequences even when the organism is unknown.

Ease of Use: Prodigal can be run in one step on a single genomic sequence or on a draft genome containing many sequences. It does not need to be supplied with any knowledge of the organism, as it learns all the properties it needs to on its own.

Outros pacotes relacionados a prodigal

• dep: libc6 (>= 2.34) [não alpha, ia64, loong64, sh4]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.36) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [alpha]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

Download de prodigal

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	1:2.6.3-6	860.0 kB	11,529.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	1:2.6.3-6	495.9 kB	12,001.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	1:2.6.3-6+b1	618.3 kB	12,170.0 kB	[lista de arquivos]
armel	1:2.6.3-6	876.4 kB	12,424.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	1:2.6.3-6	674.6 kB	12,488.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	1:2.6.3-6	996.4 kB	12,821.0 kB	[lista de arquivos]
i386	1:2.6.3-6	726.1 kB	11,952.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	1:2.6.3-6	1,073.4 kB	13,903.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	1:2.6.3-6	1,072.3 kB	11,689.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	1:2.6.3-6	573.4 kB	13,088.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	1:2.6.3-6	876.4 kB	11,470.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	1:2.6.3-6	1,087.5 kB	12,937.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	1:2.6.3-6	1,108.2 kB	13,001.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	1:2.6.3-6+b1	1,107.5 kB	11,742.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	1:2.6.3-6	552.8 kB	13,176.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	1:2.6.3-6	743.1 kB	13,448.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	1:2.6.3-6	1,216.6 kB	15,434.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	1:2.6.3-6	495.4 kB	12,000.0 kB	[lista de arquivos]