Pacote: physamp (1.1.0-5 e outros)

[ Fonte: physamp  ]

sample sequence alignment corresponding to phylogeny

The PhySamp package currently contains two programs: bppphysamp, which samples sequences according to their similarity, and bppalnoptim, which samples a sequence alignment by removing sequences in order to maximize the number of sites suitable for a given analysis. The bppalnoptim program has three running modes:

 * Interactive: the user will be iteratively proposed a set of choices
   for sequence removal, with their corresponding site gains. The
   procedure stops when the user does not want to remove more sequences,
   and the resulting filtered alignment is written.
 * Automatic: the user enters an a priori criterion for stopping
   the filtering procedure (for instance a minimum number of
   sequences to keep).
 * Diagnostic: this mode allows one to plot the trade-off curve, by
   showing the site gain as a function of the number of removed
   sequences.

Outros pacotes relacionados a physamp

• dep: libbpp-core4t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Core library

• dep: libbpp-phyl12t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Phylogenetic library

• dep: libbpp-seq12t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Sequence library

• dep: libc6 (>= 2.34) [não alpha, ia64, loong64, sh4]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [não arm64]

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  biblioteca para determinar a cadeia de chamadas de um programa - execução

Download de physamp

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	1.1.0-5	181.2 kB	1,893.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	1.1.0-5	182.3 kB	1,774.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	1.1.0-5+b1	176.7 kB	1,827.0 kB	[lista de arquivos]
armel	1.1.0-5	169.6 kB	1,724.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	1.1.0-5	170.5 kB	1,660.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	1.1.0-5	186.0 kB	1,807.0 kB	[lista de arquivos]
i386	1.1.0-5	185.3 kB	1,768.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	1.1.0-5	193.3 kB	1,996.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	1.1.0-5	178.2 kB	1,780.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	1.1.0-5	178.1 kB	1,752.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	1.1.0-5	177.9 kB	1,912.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	1.1.0-5	187.3 kB	1,954.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	1.1.0-5	186.1 kB	1,890.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	1.1.0-5	182.1 kB	1,714.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	1.1.0-5	181.0 kB	1,790.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	1.1.0-5	188.5 kB	1,826.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	1.1.0-5	170.3 kB	3,497.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	1.1.0-5	180.4 kB	1,740.0 kB	[lista de arquivos]