Pacote: mash (2.2.2+dfsg-1 e outros) [debports]

[ Fonte:  ]

fast genome and metagenome distance estimation using MinHash

Mash uses MinHash locality-sensitive hashing to reduce large biosequences to a representative sketch and rapidly estimate pairwise distances between genomes or metagenomes. Mash sketch databases effectively delineate known species boundaries, allow construction of approximate phylogenies, and can be searched in seconds using assembled genomes or raw sequencing runs from Illumina, Pacific Biosciences, and Oxford Nanopore. For metagenomics, Mash scales to thousands of samples and can replicate Human Microbiome Project and Global Ocean Survey results in a fraction of the time.

Outros pacotes relacionados a mash

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

• dep: libcapnp-0.7.0

  Cap'n Proto C++ library

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1)

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgsl25 (>= 2.6)

  Pacote não disponível

• dep: libgslcblas0 (>= 2.6)

  GNU Scientific Library (GSL) -- blas library package

• dep: libmurmurhash2 (>= 0.2)

  Portable MurmurHash Implementation

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

Download de mash

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
m68k (porte não oficial)	2.2.2+dfsg-1+b1	141.0 kB	423.0 kB	[lista de arquivos]