Pacote: idba-extra (1.1.3-8 e outros)

[ Fonte: idba  ]

iterative De Bruijn Graph short read assemblers (extra tools)

IDBA stands for iterative de Bruijn graph assembler. In computational sequence biology, an assembler solves the puzzle coming from large sequencing machines that feature many gigabytes of short reads from a large genome.

This package provides several flavours of the IDBA assembler, as they all share the same source tree but serve different purposes and evolved over time.

IDBA is the basic iterative de Bruijn graph assembler for second-generation sequencing reads. IDBA-UD, an extension of IDBA, is designed to utilize paired-end reads to assemble low-depth regions and use progressive depth on contigs to reduce errors in high-depth regions. It is a generic purpose assembler and especially good for single-cell and metagenomic sequencing data. IDBA-Hybrid is another update version of IDBA-UD, which can make use of a similar reference genome to improve assembly result. IDBA-Tran is an iterative de Bruijn graph assembler for RNA-Seq data.

This package ships extra tools for using idba in specific situations.

Outros pacotes relacionados a idba-extra

• dep: idba

  iterative De Bruijn Graph short read assemblers

• dep: libc6 (>= 2.34) [não alpha, arm64, ia64, loong64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.36) [loong64]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  biblioteca de suporte ao GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 11) [não arm64, riscv64]

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  biblioteca para determinar a cadeia de chamadas de um programa - execução

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

Download de idba-extra

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	1.1.3-8	397.2 kB	3,279.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	1.1.3-8	388.3 kB	2,506.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	1.1.3-8+b1	357.0 kB	3,007.0 kB	[lista de arquivos]
armel	1.1.3-8	309.9 kB	2,599.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	1.1.3-8	318.3 kB	1,959.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	1.1.3-8	405.3 kB	2,376.0 kB	[lista de arquivos]
i386	1.1.3-8	417.6 kB	2,523.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	1.1.3-8	475.0 kB	4,639.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	1.1.3-8	359.5 kB	2,430.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	1.1.3-8	397.7 kB	3,665.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	1.1.3-8	395.7 kB	3,838.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	1.1.3-8	400.1 kB	3,390.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	1.1.3-8+b1	388.3 kB	1,903.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	1.1.3-8	351.9 kB	2,538.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	1.1.3-8	334.5 kB	23,737.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	1.1.3-8	385.0 kB	2,283.0 kB	[lista de arquivos]