Pacote: mummer (3.23+dfsg-8) [debports]

[ Fonte:  ]

alinhamento eficiente de seqüência para genomas completos

O MUMmer é um sistema para rapidamente alinhar genomas inteiros, seja na forma completa ou rascunho ("draft"). Por exemplo, o MUMmer 3.0 pode encontrar todos os pares de base 20 ("20-basepair") ou combinações mais longas entre um par de 5-megabase de genomas em 13,7 segundos, usando 78 MB de memória, em uma estação de trabalho Linux 2.4 GHz. O MUMmer também pode alinhas genomas incompletos; ele lida com 100s ou 1000s de "contigs" a partir de um projeto de seqüenciamento "shotgun" com facilidade, e os alinhará para outro conjunto de "contigs" ou um genoma usando o programa NUCmer incluído com o sistema. Se a espécie for muito divergente do alinhamento da seqüência de DNA para detectar similaridade, então o programa PROmer pode gerar alinhamentos baseados em até transições de seis-quadros ("six-frame") de ambas as seqüências de entrada.

Outros pacotes relacionados a mummer

• dep: gawk

  awk GNU, linguagem de varredura de padrões e processamento

• dep: libc6.1 (>= 2.36)

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

• dep: libunwind8

  biblioteca para determinar a cadeia de chamadas de um programa - execução

• dep: perl

  Linguagem de extração e relatórios prática de Larry Wall

Download de mummer

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
ia64 (porte não oficial)	702.7 kB	4,138.0 kB	[lista de arquivos]