Pacote: samtools (1.21-1)

[ Fonte: samtools  ]

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

Etiquetas: Campo: Biologia, Bioinformática, Implementado em: implemented-in::c, interface::commandline, Rede: Cliente, Protocolos de rede: FTP, protocol::http, role::program, Alcance: Utilitários, Kit de ferramentas de interface: Ncurses TUI, Propósito: use::analysing, use::calculating, Filtro, Funciona com: Sequência biológica

Outros pacotes relacionados a samtools

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

• dep: libhts3t64 (>= 1.21)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libncurses6 (>= 6)

  bibliotecas compartilhadas para manipulação do terminal

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  biblioteca de terminfo de baixo-nível compartilhada para manipulação de terminal

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

• sug: cwltool

  Common Workflow Language reference implementation

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Arquitetura	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
armhf	617.9 kB	1,544.0 kB	[lista de arquivos]