Pacote: mummer (3.23+dfsg-7)

[ Fonte: mummer  ]

alinhamento eficiente de seqüência para genomas completos

O MUMmer é um sistema para rapidamente alinhar genomas inteiros, seja na forma completa ou rascunho ("draft"). Por exemplo, o MUMmer 3.0 pode encontrar todos os pares de base 20 ("20-basepair") ou combinações mais longas entre um par de 5-megabase de genomas em 13,7 segundos, usando 78 MB de memória, em uma estação de trabalho Linux 2.4 GHz. O MUMmer também pode alinhas genomas incompletos; ele lida com 100s ou 1000s de "contigs" a partir de um projeto de seqüenciamento "shotgun" com facilidade, e os alinhará para outro conjunto de "contigs" ou um genoma usando o programa NUCmer incluído com o sistema. Se a espécie for muito divergente do alinhamento da seqüência de DNA para detectar similaridade, então o programa PROmer pode gerar alinhamentos baseados em até transições de seis-quadros ("six-frame") de ambas as seqüências de entrada.

Etiquetas: Campo: Biologia, Bioinformática, Implementado em: implemented-in::c++, interface::commandline, Função: Programa, Alcance: Utilitários, Propósito: use::comparing, works-with-format::TODO, Suporta o formato: Texto puro, Funciona com: Precisa de uma etiqueta extra

Outros pacotes relacionados a mummer

• dep: gawk

  awk GNU, linguagem de varredura de padrões e processamento

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

• dep: perl

  Linguagem de extração e relatórios prática de Larry Wall

Download de mummer

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Arquitetura	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
armhf	614.6 kB	2,868.0 kB	[lista de arquivos]