Pacote: umis (1.0.8-3 e outros)

[ Fonte: umis  ]

tools for processing UMI RNA-tag data

Umis provides tools for estimating expression in RNA-Seq data which performs sequencing of end tags of transcript, and incorporate molecular tags to correct for amplification bias.

There are four steps in this process.

 1. Formatting reads
 2. Filtering noisy cellular barcodes
 3. Pseudo-mapping to cDNAs
 4. Counting molecular identifiers

Outros pacotes relacionados a umis

• dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.4) [não arm64, ppc64el]

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.12)

  dep: python3 (>= 3.11~)

• dep: python3-click

  Wrapper around optparse for command line utilities - Python 3.x

• dep: python3-pandas

  data structures for "relational" or "labeled" data

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-regex

  módulo alternativo de expressões regulares (Python 3)

• dep: python3-scipy

  ferramentas científicas para Python 3

• dep: python3-toolz

  List processing tools and functional utilities

• sug: umis-examples

  tools for processing UMI RNA-tag data (examples)

Download de umis

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
amd64	1.0.8-3+b1	26.0 kB	117.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	1.0.8-3+b1	25.6 kB	157.0 kB	[lista de arquivos]
armel	1.0.8-3+b1	26.5 kB	156.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	1.0.8-3+b1	25.1 kB	156.0 kB	[lista de arquivos]
i386	1.0.8-3+b1	26.6 kB	116.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	1.0.8-3+b1	25.8 kB	158.0 kB	[lista de arquivos]
mipsel	1.0.8-3+b1	25.7 kB	157.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	1.0.8-3+b1	26.6 kB	157.0 kB	[lista de arquivos]