Pakiet: jellyfish (2.3.1-3 i inne)
Odnośniki dla jellyfish
Zasoby systemu Debian:
- Raporty o błędach
- Developer Information
- Dziennik zmian w systemie Debian
- Informacje nt. praw autorskich
- Śledzenie łatek systemu Debian
Pobieranie pakietu źródłowego jellyfish:
Opiekunowie:
- Debian Med Packaging Team (Strona QA, Archiwum e-mail)
- Shaun Jackman (Strona QA)
- Andreas Tille (Strona QA)
- Michael R. Crusoe (Strona QA)
- Étienne Mollier (Strona QA)
Zasoby zewnętrzne:
- Strona internetowa [www.genome.umd.edu]
Podobne pakiety:
count k-mers in DNA sequences
JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.
JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.
Inne pakiety związane z jellyfish
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.38)
- Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- Biblioteka wspomagająca GCC
-
- dep: libhts3t64 (>= 1.17)
- C library for high-throughput sequencing data formats
-
- dep: libjellyfish-2.0-2 (= 2.3.1-3+b6)
- count k-mers in DNA sequences (dynamic library of jellyfish)
-
- dep: libstdc++6 (>= 14)
- Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
Pobieranie jellyfish
Architektura | Wersja | Rozmiar pakietu | Rozmiar po instalacji | Pliki |
---|---|---|---|---|
ppc64el | 2.3.1-3+b6 | 745,6 KiB | 2 895,0 KiB | [lista plików] |